Pääkaupunki tarkoittaa kaupunkia, josta käsin sivilisaatiota johdetaan. Sillä on Civilization V -pelissä suuri merkitys - pelaaja, joka on valloittanut kaikkien muiden valtakuntien pääkaupungit, voittaa pelin. Siksipä valtakunnan alkuperäisen pääkaupungin valloittaminen johtaa valtakunnan kehityksen pysähtymiseen, joten pelaaja on hävinnyt pelin siinä vaiheessa, jos se on menettänyt pääkaupunkinsa.
Pelaaja voi myös saada entisen pääkaupunkinsa takaisin, edellyttäen joko sen valtaamista sotilalllisesti tai sen ostamista diplomaattisin keinoin.